Cizre demir çağında Kumme (Kumaha, Kummuh, veya Qumaha, Qumenu) krallığının merkeziydi. M.Ö 10. Yüzyılda şehir, Musul ile beraber Uygarlığın merkeziydi.
M.Ö 2000 yılından itibaren, Babil, Araplar, Asurlular, Medler, Kürtler, Persler, Selevkos ve Sasanilerin; İslamiyetin bölgeye gelmesi ile beraber Emevi ve Abbasilerin hakimiyeti altında kalmıştır. 1096 yılında Büyük Selçuklular müteakiben emir ve şeyhliklerle idare edilen Cizre 1627 yılından itibaren Osmanlı İmparatorluğunun egemenliğine geçmiştir. Cizre beyliği önceleri Diyarbakır Sancak Beyliğine bağlı iken 1841 yılında Musul'a bağlanmıştır. Milli mücadele döneminde büyük başarılar gösteren Cizre'ye Fransızlar gelip şehri savaşsız teslim almak istemişlerse de, halkın direnişi ve silahlanmayı görerek işgalden vazgeçmişlerdir. İslamiyet'in Cizre'ye girmesi ile birlikte şehre yarımada anlamına gelen Cezire adı verilmiş, Cumhuriyet döneminde ise küçük bir düzeltmeyle Cizre olarak değiştirilmiştir. Önceleri Mardin iline bağlı bir yerleşim birimi iken 16.05.1990 tarih ve 3647 sayılı yasa ile Şırnak iline bağlanmıştır.
Şırnak yöresi 993 yılında Mervaniler denetimine geçmiştir. Yörenin yönetsel merkezi olan Cizre; Mervaniler, Selçuklular, Zengiler, Eyyübi zamanlarında Musul Atabeklerine ve Diyarbekir emirlerine bağlıydı. Bu halde iç işlerinde bağımsız bir Derebeylik gibiydi. 1071 yılında Selçuklu Sultanı Alparslanın bölgeye girmesiyle Mervaniler Selçuklulara tabi oldu. Selçuklu komutanlarından Fahrüddevle 1085 yılında Diyarbekir ve Cizre bölgesini zaptederek Mervani emirliğine son verdi.
Mervaniler döneminden sonrada Şırnak yöresi sık sık el değiştirmiş Selçuklular döneminden itibaren sırasıyla 1100 da Musul Atabegi Çökürmüş denetimine geçmiş ardından Zengiler, Eyübiler, ve Artuklular burada hakimiyet kurdular. XIII yy. İkinci çeyreğinde yörede Harizmliler ve Moğollar gibi yeni güçler ortaya çıktı. Moğolların yağma hareketleri sonrasında 1400 lü yıllarda yöreye hakim olma çabası içerisinde bulunan Akkoyunlular la Karakoyunlular arasında çatışmalar çıkmıştır. 1508 de Akkoyunluların varlığına son veren Safeviler sonrasında yörede hakimiyet kurup egemenlikleri altına almışlardır.